Серьезную опасность для новой власти представляли совершаемые в различных местах губернии акты саботажа и террора. Они дезорганизовывали работу в уездах, справедливо возмущали население. Обстановка без преувеличения складывалась серьезная — только в течение весны и лета 1920 года на территории губернии пожары уничтожили 7017 пудов хлеба, 16262 пуда сена, 17809 десятин леса. 26 июня 1920 года запылали продовольственные и воинские склады в Ярославле. Вспыхнул пожар в Коровниках — в литейной мастерской губсовнархоза. Чекисты арестовали несколько человек, причастных к этим преступлениям.

    В газетной статье «Пролетарий, будь начеку» ярославские чекисты писали: «В поджогах сегодняшнего дня мы видим обозленного врага, мстящего за свои неудачи, за свои поражения. Пусть знают наши враги — поджигатели, хулиганы, воры, дезертиры, — что за все деяния мы воздадим должное. Пусть они не забудут, с кем ведут борьбу и кому не дает пощады Ярославская губЧК».

     На заседании 3 августа 1920 года коллегия губернской ЧК назначила специального уполномоченного по борьбе с пожарами в губернии. Его работа принесла результаты: были арестованы лица, виновные в поджогах. Уже в октябре губчека применила ВМН к А. П. Богородскому и Е. Д. Голубеву за совершенный ими умышленный поджог моста через реку Вшивая Горка по Арефинскому тракту в Рыбинском уезде. По этому же делу вынесли приговор о заключении в концлагерь на 3 года условно В. И. Весничева и Д. Д. Алимпиева. Они не приняли мер к ликвидации пожара и не сообщили о нем властям.

    В конце 1920 года возник пожар на Ярославской электростанции. Рассмотрев его причины, губернская ЧК привлекла к уголовной ответственности пять человек. Дело направили на рассмотрение Яргубревтрибунала. Материалы об умышленном поджоге Парфентьевской дачи в окрестностях Ярославля губернская ЧК передала для расследования в уголовно-следственную комиссию по Ярославскому уезду.

    Для предотвращения пожаров и других чрезвычайных происшествий по инициативе ЧК была проведена проверка состояния караульной службы на Ростовском артскладе и Рыбинских огнескладе, огнебазе и артскладе. Результаты проверки заслушала коллегия губчека. В тот же период рассматривались также дела о совершенных взрывах, умышленной порче военного и гражданского имущества.

    Насколько серьезными являлись попытки оппозиционных сил противостоять местной власти, мы знаем из воспоминаний М. И. Лебедева. В начале января 1919 года в районе Рыбинска взорвали морскую базу Волжской флотилии. В результате диверсии было уничтожено 500 морских мин, в непригодное состояние пришли артиллерийские орудия в воинском эшелоне, следовавшем на фронт через станцию Всполье — в откатники орудий вместо специального масла влили азотную кислоту.

    С августа 1918 по декабрь 1919 года комиссия рассмотрела 52 дела на 60 человек по диверсиям, 38 дел на 38 лиц по террору и 104 дела на 168 человек по фактам саботажа.

    В этот же период предпринимались меры по усилению охраны военных объектов и транспорта. Решено было укрепить караульную службу. Для усиления бдительности и предотвращения чрезвычайных происшествий привлекались коммунисты. Вопрос вынесли на обсуждение губернского комитета партии.

    Летом 1919 года в губернии встала проблема детской беспризорности. Губ чека внесла посильный вклад в ее решение. На теплоходе «Фултон» в южные хлебородные районы страны были отправлены две тысячи беспризорников и детей из малообеспеченных семей. По рекомендации сотрудников ЧК в целях стабильного обеспечения продовольствием детей перевели на положение беженцев, их снабжением в пути стал заниматься комитет по жилищному и трудовому устройству пленных и беженцев.